Beeinträchtigung durch den Menschen
Bereits aus dem Mittelalter findet man schriftliche Belege dafür, dass der Otter schon damals nicht nur als beliebte Fastenspeise, sondern vor allem als „nimmersatter Fischräuber“ und damit Beutekonkurrent für den Menschen galt. Staatliche Prämien, aber auch sein dichtes Otterfell, schafften zusätzliche Anreize, ihn gnadenlos mit Flinte, Fallen, Giftköder und speziell für die Otterjagd gezüchteten „Otterhunden“ zu verfolgen.
Durch die fortschreitende Technisierung, Industrialisierung und Intensivierung der Landwirtschaft wurden seine Lebensräume nach dem 2. Weltkrieg immer mehr eingeengt oder sogar zerstört: Werden Bäche und Flüsse reguliert und verbaut oder werden Ackerflächen bis zum Bachufer ausgedehnt, fehlen Unterschlupfmöglichkeiten. Neue Wasserkraftanlagen und Straßen werden zu unüberwindbaren oder gefährlichen Hindernissen: Eine der häufigsten Todesursachen beim Fischotter sind „nicht ottergerechte“ Brücken: Dort, wo der Fischotter Brücken nicht trockenen Fußes unterqueren kann, wechselt er häufig auf die Straße. Nicht selten wird er dabei überfahren.
Doch es bedroht ihn auch eine „schleichendere Gefahr“: Da der Fischotter beim „Lebensraum Gewässer“ an der Spitze der Nahrungspyramide steht, nimmt er mit seiner Nahrung auch all die Umweltgifte auf, denen seine Beutetiere zuvor ausgesetzt waren.